La diferencia fundamental entre los alimentos funcionales y los complementos alimenticios biológicamente activos es la forma en que los ingredientes funcionales que faltan se entregan al cuerpo humano. Si la entrega se realiza en forma de una preparación similar a un medicamento para administración oral (comprimidos, cápsulas, polvos), se debe hablar de un complemento alimenticio. Además, la concentración del principio funcional activo en los suplementos dietéticos puede exceder significativamente, a veces decenas de veces, las necesidades fisiológicas, por lo que generalmente se prescriben en cursos y se toman durante un tiempo determinado.
Si un ingrediente funcional ingresa al cuerpo en forma de un producto nutricional tradicional, entonces es un producto alimenticio funcional. Las concentraciones de ingredientes funcionales presentes en los alimentos funcionales y que tienen un efecto regulador sobre las funciones y reacciones humanas están cercanas a las fisiológicas óptimas, por lo tanto, dichos alimentos pueden tomarse indefinidamente. Se cree que un producto alimenticio puede clasificarse como funcional si el contenido de un ingrediente funcional biodisponible en él está dentro del 10-50% del requerimiento diario promedio para el nutriente correspondiente.
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Se debe tener en cuenta que la limitación del contenido cuantitativo del ingrediente funcional en los productos alimenticios funcionales se debe a que dichos productos están destinados a un uso permanente en la composición de dietas convencionales, que pueden incluir otros productos alimenticios con uno o otra cantidad y rango de ingredientes funcionales potenciales. La cantidad total de nutrientes funcionales biodisponibles en el tracto digestivo que ingresan al cuerpo no debe exceder las necesidades fisiológicas diarias de una persona sana, ya que esto puede ir acompañado de la aparición de efectos secundarios indeseables.
Según los Conceptos Científicos de Alimentos Funcionales en Europa, desarrollados en 1995-1998. F.Bellisle con los empleados, los productos alimenticios solo pueden clasificarse como funcionales si es posible demostrar su efecto positivo en una u otra función clave del cuerpo humano (además de los efectos nutricionales tradicionales) y obtener pruebas objetivas sólidas que confirmen esta relación. Estas funciones y condiciones clave del cuerpo incluyen: crecimiento, desarrollo y diferenciación; protección contra compuestos con actividad oxidativa; el estado del sistema cardiovascular; impacto sobre la diabetes y la obesidad; condición ósea; fisiología del tracto gastrointestinal, incluido el estado de la microflora; el estado del sistema inmunológico; respuestas conductuales y estado de salud mental.